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A determinação do pH nas fezes está diretamente relacionada com o tipo de dieta alimentar. Dietas ricas em carboidratos tornam as fezes mais ácidas, pois atuam fazendo a fermentação, enquanto dietas com muita proteína tonam as fezes alcalinas. Valores diminuídos podem ser indicativos de insuficiência biliar, dispepsias fermentativas e putrefativas, diarreia por deficiência de dissacaridases, fermentação bacteriana aumentando o nível de ácido lático, distúrbios de carboidratos e digestão dos açucares e gorduras. O Amoníaco é desprendido nos processos de putrefação o que configura uma base de excreção. Portanto, predominando a fermentação, pH será ácido e, no predomínio do processo de putrefação, o pH será alcalino. Valores de pH fecal < 5,6 sugerem má absorção de carboidratos, sendo úteis para esclarecer casos de diarreia osmótica.