O sistema HLA é a nomenclatura dada a um grupo de genes localizados na região conhecida como complexo principal de histocompatibilidade, no cromossomo 6. Estes loci estão envolvidos principalmente na rejeição de tecidos estranhos ou não próprios, sendo utilizados para transplantes hematopoiéticos, amostras de sangue de cordão, médula óssea, entre outros. Os genes de classe I na região do MHC, consideradas principais agentes da resposta imune, são apenas três, HLA - A, B e C e são os chamados clássicos. Estes genes codificam glicoproteínas, consideradas as moléculas clássicas de histocompatibilidade de classe I, são expressas na superfície de todas as células nucleadas e são responsáveis por apresentar os peptídeos endógenos ou virais às células T CD8 positivas. Há outros genes da classe I conhecidos, mas estes não estão envolvidos nas rejeições dos transplantes. Na região de classe II, são reconhecidos diversos genes, sendo que os loci HLA-DR, DQ e DP codificam glicoproteínas expressas na superfície de células do sistema imune, neste caso as células apresentadoras de antígenos (APCs); linfócito B, macrófago e células dendríticas. São as moléculas clássicas de histocompatibilidade de classe II, estão envolvidas na rejeição contra enxertos e na apresentação de peptídeos exógenos aos receptores dos linfócitos T CD4 positivas. Além desses, também são conhecidos vários outros genes de classe II que não codificam as moléculas apresentadoras de antígenos.
Os genes de classe III não codificam moléculas apresentadoras de antígenos, dessa forma, ao contrário das moléculas de clássicas de classe I e II, não controlam diretamente o processo de rejeição de transplantes. Portanto, apenas as moléculas de HLA de classe I e II são capazes de apresentar antígenos aos linfócitos. Os exames de HLA realizados em alta resolução possibilitam uma maior diversidade de tipificações. Os exames de baixa resolução identificam a presença de um grupo de alelos (definição das especificidades). A análise de alta resolução é muito mais especifica e fornece a identificação individual de cada alelo (definição dos alelos).