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O fator intrínseco é uma glicoproteína produzida pelas células parietais gástricas. Os anticorpos anti-fator intrínseco são usados na diferenciação de anemia perniciosa das outras anemias megaloblásticas, sendo a frequência do anticorpo alta em crianças e jovens com anemia perniciosa. Os anticorpos são de 2 tipos: Tipo I que impede a ligação do fator intrínseco com a vitamina B12, Tipo II que se liga tanto ao fator intrínseco livre quanto ao ligado à vitamina B12. O teste pode ser especialmente útil para detectar a má absorção senil da vitamina B12. A carência congênita de fator intrínseco causa uma absorção inadequada de vitamina B12 que se inicia mais ou menos aos seis meses de idade, enquanto que o tipo juvenil tende a se manifestar em idades superiores a 10 anos. Existe um padrão de genética autossômica recessiva sugerida na forma congênita da doença. A anemia perniciosa é a causa mais comum de deficiência de vitamina B12 em adultos. Esta patologia está associada com gastrite crônica atrófica.