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O marcador tumoral CA 27.29 pode ser usado no acompanhamento de pacientes com câncer de mama. O ensaio permite a detecção da glicoproteína codificada pelo gene MUC-1, produzida pelas células epiteliais glandulares, assim como o CA 15-3, porém ligando-se a um sítio diferente da molécula. Esse teste pode ser utilizado na detecção de recorrências e na monitorização do tratamento de pacientes com neoplasia de mama metastática, juntamente com avaliação clínica e exames de imagem. Deve-se ressaltar que elevações espúrias podem ocorrer nas primeiras quatro a seis semanas após tratamento quimioterápico. Alguns estudos demonstraram que CA 27.29 também pode apresentar valor prognóstico. Assim como o CA 15-3, o CA 27.29 não apresenta bom desempenho no rastreamento e diagnóstico das neoplasias de mama. A sensibilidade de apenas cerca de 30% nas lesões precoces desencoraja sua utilização com esses propósitos. Estudos sugerem que o CA 27.29 é mais sensível que o CA 15-3, mas menos específico. CA 27.29 também está elevado em doenças benignas da mama, fígado, rins e ovários.